|
Biyokimya, adından da anlaşılacağı gibi canlı organizmalar ve bu
organizmaları meydana getiren hücrelerde meydana gelen metabolik
faaliyetleri inceleyen bilim dalıdır.
Aynı zamanda biyokimya, moleküler biyoloji ile
sıkı bir ilişki içerisindedir.Biyokimya konusunda esas olarak canlı
hücrelerinde cereyan eden kimyasal tepkime basamaklarını, bu
basamaklara etki eden katalizör görevindeki enzimleri, fotosentezi ve
solunum konusunu ele almaya çalışacağız. Bu konular haricinde
biyokimya bilim dalının incelediği sayısız metabolik reaksiyon
vardır.Örneğin karbonhidrat metabolizması, fotosentezin izlediği
alternatif yollar, yağların yıkımı, proteinlerin yıkımı
gibi.Sayfamızda bu metabolik olayları özetleyerek tek tek ele
alacağız.
Amino
Asitler
Canlı organizmaların temelini nasıl hücreler
meydana getiriyor ise, hücrelerin temelinide proteinler meydana
getirir.Protein molekülleri hücreyi inşaa eden birer tuğla gibidir.Amino
asitler ise proteinleri meydana getiren daha küçük moleküllerdir.Yani
amino asitler uzun zincirler oluşturarak proteinleri, proteinlerde
kompleks bir şekilde organize olarak hücreyi meydana getirir.
Tabii karmaşık bir yapıya sahip olan hücre
yanlızca proteinlerden oluşmaz.Bunun yanında karbonhidratlar, yağlar,
glikolipidler, fosfolipidler ve DNA - RNA molekülleri gibi kimysal
maddelerde hücrenin yapısına katılırlar.Fakat proteinsiz bir hücre
düşünmek mümkün değildir.
İlk olarak proteinleri meydana getiren en ufak
birim olan amino asitlerin kimyasal yapılarını ve diğer özelliklerini
tablo halinde ele alalım.
|
No
: |
Amino
asit |
Kimyasal formülü |
M.A.
(gr/mol) |
İzoelektrik
nok. |
Sembolü |
|
1-) |
Alanin |
C3-H7-N-02 |
89 |
6,0 |
Ala |
|
2-) |
Arjinin |
C6-H14-N4-O2 |
174 |
11,15 |
Arg |
|
3-) |
Asparagin |
C4-H8-N2-O |
132 |
5,41 |
Asn |
|
4-) |
Aspartik
asit |
C4-H7-N-04 |
133 |
2,77 |
Asp |
|
5-) |
Fenil
alanin |
C9-H6-N-O2 |
~ 165 |
5,48 |
Phe |
|
6-) |
Glutamin |
C5-H10-N2-O3 |
146 |
5,65 |
Gln |
|
7-) |
Glutamik
asit |
C5-H9-N-O4 |
147 |
3,22 |
Glu |
|
8-) |
Glisin |
C2-H5-N-O2 |
75 |
5,97 |
Gly |
|
9-) |
Histidin |
C6-H8-N3-O2 |
144 |
7,47 |
His |
|
10-) |
İzolösin |
C6-H13-N-O2 |
131 |
5,94 |
İle |
|
11-) |
Lösin |
C6-H13-N-O2 |
131 |
5,98 |
Leu |
|
12-) |
Lizin |
C6-H14-N2-O2 |
146 |
9,59 |
Lys |
|
13-) |
Metionin |
C5-H11-N-O2-S |
149 |
5,74 |
Met |
|
14-) |
Prolin |
C5-H9-N-O2 |
115 |
6,3 |
Pro |
|
15-) |
Serin |
C3-H7-N-O2 |
105 |
5,68 |
Ser |
|
16-) |
Sistein |
C3-H7-N-O2-S |
121 |
5,02 |
Cys |
|
17-) |
Treonin |
C4-H9-N-O3 |
119 |
5,64 |
Thr |
|
18-) |
Triptofan |
C11-H8-N2-O2 |
~ 204 |
5,89 |
Trp |
|
19-) |
Tirozin |
C9-H7-N-O3 |
~ 181 |
5,66 |
Tyr |
|
20-) |
Valin |
C5-H11-N-O2 |
117 |
5,96 |
Val |
Tablomuzda, doğada en çok bulunan 20 tane amino
asitin kimyasal formülleri ve özellikleri verilmiştir.Bunun yanında
bilinmeyen amino asitlerde vardır.Bir kaç örnek verelim ;
Hidroksiprolin, metilizin, fosfoserini iyodotronin
vs. gibi.Fakat bu amino asitler ender rastlanan amino asitler olup
hücre içinde en çok rastlanılanları tabloda verdiğimiz 20 tanesidir.
Amino asitler üzerlerinde belirli miktarlarda
elektrik yükü taşırlar.Bu elektrik yükleri (+ veya -), asit veya baz
özelliği gösteren bir ortama girdiklerinde nötrleşmeye başlarlar.Fakat
bu nötrleşme ortamın pH ' ına bağlıdır.Bir amino asit ancak belirli
bir pH noktasında nötr hale gelebilir ki bu pH seviyesine o amino
asitin " İzoelektrik noktası " denir.Örneğin Histidin amino asiti,
ancak pH ' ı 7,47 olan bir sıvı içerisinde nötr hale gelebilir.Yani
bazik bir ortamda.
Dikkat edilecek en önemli nokta moleküllerdeki
atomlardır.Bu atomlardan C (karbon), N (azot) ve H (hidrojen)
molekülün yapısına en çok giren atomlardır.Fakat aralarındaki en
önemli atom ise karbon atomudur.Karbon, atom numarası 6 olan eşsiz bir
yapıya sahiptir.Doğada saf olarak grafit ve elmas halinde bulunan
karbonun yapısına girmediği bileşik hemen hemen yok gibidir.Bu
özelliği sayesinde yüzbinlerce kimyasal bileşik oluşturduğu
bilinmektedir.Elimizdeki deriden arabalarımızın lastiklerine,
bilgisayarımızdan ayakkabılarımıza kadar her yerde karbonlu bileşikler
vardır.
İkinci dikkat edilecek nokta ise lösin ve izolösin
amino asitlerin molekül formülleri ve molekül ağırlıkları birbirinin
aynı olmasına rağmen isimlerinin farklı olmasıdır.Bunun nedeni ise bu
moleküllerin 3 boyutlu yapılarının birbirinden farklı olmasıdır.
Lösin ve izolösin, doğada var olan amino asitlerin
D ve L konfigürasyonlarına bir örnektir.Çünki doğada amino asitler iki
konfigürasyonda bulunabilirler.Bunlardan birinci konfigürasyon D,
ikinci konfigürasyon ise L adını alır.Bu şekilde adlandırılmasının
nedeni, aynı yapıya ve formüle sahip moleküllerin arasındaki farkın
yanlızca H ve 0H atomlarının yerlerinin değişik olmasından dolayıdır.
|
 |
Şekilde " Alanin " amino asitinin doğada bulunan
iki konfigürasyonunu görmektesiniz.
Her iki molekülün yapısı aynı olmasına karşın H ve NH2 (amino grubu)
molekülünün yerleri değişiktir.Bu şekilde özellik gösteren yani kapalı
formülleri aynı fakat üç boyutları farklı olan moleküllere " İzomer "
molekülleri adı verilir.
Canlı organizmaların yapısında ise yanlızca L
konfigürasyonundaki amino asitler bulunmuş olup çok ender olarak bazı
hücrelerde D konfigürasyonuna sahip amino asitlerede rastlanılmıştır.
Amino asit molekülleri, bir ucunda " Amino grubu
(NH2) " diğer ucunda ise " Karboksil (COOH) " grubu taşırlar.İşte
amino asitlerin yan yana gelip zincirler oluşturarak proteinleri
sentezlemesi, bu iki grubun aralarında kovalent veya iyonik bağ
yapmasıyla gerçekleşir.
İki amino asit yan yana geldiklerinde COOH ve NH2
grupları arasında bağlanma meydana gelir ve bu bağa
" Peptid " bağı adı verilir.Bağlanma sırasında ise bir su molekülü
sebest kalır.İki amino asitin yanlızca uç kısımlarını yani karboksil
ve amino gruplarının nasıl bağlandını birde reaksiyon şeklinde
görelim.
COOH + NH2 <--------------------> CO -- NH
+ H2O (su)
Denklemimizde COOH 1.aminoasitin bir ucu, NH2 ise
2.amino asitimizin diğer ucunu temsil etmektedir.Bu uçlar yanyana
geldiklerinde COOH grubundan bir oksijen ve NH2 grubundan bir hidrojen
serbest kalır.Böylelikle serbest kalan bu atomlar aralarında bağ
yaparak suyu oluşturur.
CO ile NH arasındaki bağ ise " Peptid "
bağıdır.İki amino asitin yanyana gelmesiyle oluşan peptid bağına
" Dipeptid", üç veya daha fazla (yüzlerce yada binlerce) amino asitin
yanyana gelmesiyle oluşan zincirdeki peptid bağlarına ise " Polipeptid
" adı verilir.
Proteinler düz amino asit zincirlerinden meydana
gelmesine rağmen oldukça karmaşık yapılara sahiptir.Bunun nedeni ise
zincirdeki bazı amino asitlerin birbirleriyle ikinci veya üçüncü bir
bağ yapmasındandır.(Bkz. Temel bilgiler sayfası "Proteinler"
bölümü).Proteinler hücre için mutlaka gerekli moleküller olup bazı
proteinler enzim yapısındadırlar ve hücre içerisinde sürekli olarak
kimyasal reaksiyon basamaklarına katılarak metabolik faaliyetleri
düzenlerler.
Hücre amino asitleri yan yana getirip proteinleri
sentezlediği gibi aynı şekilde vücuda alınan proteinleride en küçük
birimlerine kadar ayırır.Örneğin gıda olarak tüketilen et, yumurta,
süt ve yoğurt gibi besinler bol miktarda protein içerir.Fakat
hücrelerin her zaman proteine ihtiyacı olmaz ve bu proteinleri amino
asitlerine kadar parçalarlar.
Moleküllerin vücuda alındıktan sonra parçalanması
olayına " Katabolizma ", vücuttaki küçük moleküllerden daha büyük
başka moleküller sentezlenmesi olayına ise " Anabolizma " denir.
Proteinlerin Yapısı Ve Yıkımı
Proteinler fiziksel yapıları itibariyle iki ana
gruba ayrılırlar.
Birinci grup " fibröz " proteinlerdir.Bu
proteinler özellikle deri, tendon (kasları kemiğe bağlayan sert doku)
ve kemik dokularda bulunur.Fibröz protein suda çözünmemekle birlikte
fiziksel olarak oldukça dayanıklı bir yapıya sahiptir.
İkinci grup ise " Globular " proteinlerdir.Globular
proteinlerde fibröz proteinin aksine suda çözünebilirler ve fiziksel
olarak dayanıklı değillerdir.Globular proteinler ekseri olarak " Enzim
" yapısındadırlar.Enzimler ise hücre içerisindeki sitoplazmada
kimyasal reaksiyonarı katalizlerler.
Bunun yanı sıra proteinler 3 boyutlu yapıları
itibariyle dört farklı konfigürasyonda bulunurlar.
Bu konfigürasyonlar sırasıyla ;
-
Primer
-
Segonder
-
Tersiyer
-
Kuaterner yapılarıdır.
1-) Primer
yapı :
Bir proteinin primer yapısı yanlızca amino asit
moleküllerinin yan yana gelip zincir oluşturmalarından ibarettir.
Şekildede gördüğünüz gibi polpeptid zinciri
yanlızca amino asit moleküllerinin yan yana dizilmesinden
oluşmaktadır.Yapıda R harfiyle gösterilen bölge " Radikal " grubunu
temsil ediyor olup amino asitten amino asite bu molekül grubu
değişmektedir.
Mesela Alanin amino asitinde R grubu CH3 yani
metil grubudur.Fakat İyodotronin amino asitinde metil grubunun yerini
iyotlu bir bileşik alır.
2-)
Segonder yapı :
Segonder yapı, primer yapıdan sonra gelen biraz
daha kompleks bir yapıdır.Bu yapı tıpkı DNA zinciri gibi heliks
dönümleri yapar ki bu şeklinede Alfa - heliks adı verilir.
Şekilde Alfa - heliks kıvrılmasının ilk aşamasını
görmektesiniz.Bu aşamada zincir bükülmeye başlar ve COOH yani karbonil
grubu ile NH' yani amino grubu arasında H bağı oluşmaya başlar.
Bu bağ fiziksel olarak kuvvetli bir bağ değildir ve dışarıdan verilen
ısı veya fiziksel bir hareket ile koparılabilir.Kopmanın etkisiyle
zincir yine eski düz halini almaya başlar.
Heliks yapısındaki bir zincirin enerji verilerek
düz zincir haline gelmesi olayına " Denatürasyon " denir.Isı veya
kimyasal etkiler ortadan kaldırılınca düz zincirin tekrar heliks
yapısını kazanması olayına ise " Renatürasyon " denir.
Fakat proteinler yapılarının bozulması için
verilen ısıya belli bir dereceye kadar tolerans gösterebilir.Yaklaşık
60 derecenin üstünde bir sıcaklık uygulanırsa protein denatüre
olduktan sonra tekrar renatüre olamaz.
Zincir yukarıdaki şekilde gösterildiği gibi
kıvrılmaya başladıktan sonra yandaki gibi heliks halini almaya başlar.
Proteinlerin önce düz zincir halinde oluşmaları ve
daha sonra heliks yapısını kazanmaları tamamen enzimatik kontrol
altındadır.
Eğer üretilecek protein bir enzim olacaksa,
enzimden enzim üretme gibi bir durum ortaya çıkmaktadır.
Soldaki şekilde görülen yapı ise proteinin
segonder formunun daha değişik bir şekli olan ve ß - tabakası adı
verilen bir konfigürasyondur. Bu konfigürasyonda primer zinciri
meydana getiren amino asitler heliks yapmak yerine kıvrılmalar yaparak
akordiyon gibi bir hal almıştır. Proteinler ayrı ayrı
konfigürasyonlara sahip olabildiği gibi her iki konfigürasyona sahip
proteinlerde vardır.
Örneğin bazı proteinlerin % 70 ' i Segonder Alfa - heliks yapısından,
geri kalan % 30 ' nu ise segonder ß - tabakasından meydana gelebilir.
3-)
Tersiyer yapı :
Segonder yapıyı takip eden bu konfigürasyonda
proteinin yapısı dahada kompleks bir hal almaya başlar.Tersiyer yapı
ise, amino asitlerin yukarıda belirttiğimiz R (radikal) yan zincirleri
arasında meydana gelen bağlar ile şeklini kazanmaya başlar.
Tersiyer yapı segonder yapının kıvrılmış halidir.Segonder
yapı içerisinde heliks düzeni ve beta düzeninin her ikiside
bulunabilir.Hatta bunlara ilave olarak bazı bölgeler, primer ve
" Kangal " adı verilen daha değişik konfigürasyonlara sahip olabilir.
Protein zincirinin R yan molekülleri arasındaki
bağlar ise iyonik, disülfit, H bağı ve hidrofobik (su sevmeyen)
bağları olabilir.
4-)
Kuaterner yapı :
En karmaşık şekillere sahip olan kuaterner
konfigürasyonundaki proteinler, şekillerini, alt birimler olan radikal
ve diğer gruplara bağlı diğer alt gruplar arasındaki bağlar ile
kazanır.
|
 |
Şekilde kuaterner yapıda bir protein görülyüyor.
Polipeptid (protein) zincrlerini meydana getiren
amino asitlere bağlı R gruplarının kendileride alt birimlere
ayrılırlar.Kuaterner yapıyı meydana getiren yapı ise, bu alt grupların
arasında meydana gelen iyonik veya H (hidrojen) bağları ile
şekillenir.
Kuaterner yapıya sahp proteinler oldukça karmaşık
olmasına karşın enzimler tarafından titizlikle meydana getirilmiş
mükemmel moleküllerdir.
Enzimlerin en ilginç görevleride şüphesiz protein
sentezlerinde üstlendikleri görevlerdir.Birincil enzimler primer
yapıyı meydana getirdikten sonra devreye ikincil enzimler girer ve
primer dizisini sanki matematik hesabı yapmayı biliyorlarmış gibi
belirli sıralar atlayarak birbirine bağlamaya başlarlar.Örneğin
birinci amino asitin R grubunu, 4 amino asit sırası atlayarak 5. amino
asite bağlaması gibi.
Devreye başka başka enzimler girerek en sonunda
proteini tersiyer ve kuaterner yapısına kavuştururlar.Sadece bir
molekül olan enzimlerin bu mükemmel görevi kusursuz bir biçimde yerine
getirmesi, küçük bir dev olan hücre içerisindeki mucizelerden yanlızca
birisidir.
Proteinlerin yıkımı :
Polipeptid zincirleri çok uzun olup yıkılmaları
yine enzimler vasıtasıyla olur.Peptid bağlarını kıran enzim ise
" Peptidaz " enzimidir.
Proteinlerin ayrılma işlemine ise " Hidroliz "
denir.Protein zincirleri " Tam hidroliz " yada " Tam olmayan hidroliz
" yoluyla parçalanırlar.Tam hidroliz işlemiyle proteinler, kendilerini
meydana getiren amino asitlere kadar ayrılırlar.Fakat tam olmayan
hidroliz işlemiyle proteinler belirli uzunluklarda kesilirler.
|
 |
Şekilde tam olmayan hidroliz olayına bir örnek
verilmiştir.8 amino asitlik bir polipeptid zinciri, tam olmayan
hidrolizle yıkıma uğratılarak biri 3 amino asitten, diğeri 8 amino
asitten oluşan iki ayrı zincire ayrılmıştır.
Proteinlerin parçalanması ve sindirilmesi ise mide
de gerçekleşir.Midede çalışan enzimler, ancak pH ' ı 1 - 2 gibi çok
asidik ortamlarda aktivite gösterebilirler.Bu yüzden mide çeperindeki
özelleşmiş salgılama hücreleri pepsin adı verilen asit tabiatlı bir
sıvı salgılar ki bu sıvı mide sıvısının pH 2 ını enzimlerin çalışacağı
noktaya, yani pH ' ı
1 - 2 seviyesine kadar düşürür.
Mide bu derece güçlü asidik bir sıvıya yataklık
yapmasına rağmen zarar görmez çünki mideye zarar gelmemesi için
mükemmel bir şekilde önlem alınmıştır.Yine mide çeperlerinde bulunan
özelleşmiş salgı hücreleri, mukus adı verilen bir tür sıvı
salgılarlar.Bu sıvı asitli ortam ile mide arasında bir kalkan gibi
ödev görerek mideyi korur.
Sakkarit (şeker) Metabolizması
Şeker molekülleri, karbonhidrat adı verilen uzun
zincirli moleküllerin yapıtaşlarını meydana getirirler.Şeker
molekülleri genelde 6 karbonlu bir yapıya sahip olup tıpkı amino
asitler gibi D ve L konfigürasyonlarına sahiptir.
Şeker molekülü tek başına bulunduğu hallerde "
Monosakkarit ", ikili bulunduğu hallerde " Disakkarit ", 3 lü veya
daha fazla gruplar halinde bulundukları zaman ise " Polisakkarit "
adını alır.Öncelikle bir şeker molekülünün yapısını inceleyelim.
|
 |
Yandaki şekilde görüldüğü gibi " Glikoz ",
yapısında toplam 6 adet karbon atomu (siyah noktalar) içerir.Sırasıyla
tüm karbonlara H ve OH molekülleri, birbirlerine zıt yönde bağlanma
göstermişlerdir.
Molekülün 1. karbonu kırmızı noktanın hemen
yanındaki karbondur.Hemen altındaki karbon ise 2. karbondur.Molekülün
6. karbonu ise CH2-OH molekülünün karbonudur.O ile gösterilen ilk
sıradaki atom ise oksijendir. Molekülümüz bir monosakkaritdir.Disakkarit
ve polisakkaritler bunun gibi yüzlerce yada binlerce glikoz (veya
fruktoz, sukroz, laktoz vs. olabilir) molekülünün yan yana gelip bağ
yapmasıyla meydana gelir.
Şeker molekülleri arasındaki bağlar ise tıpkı amino asitlerde olduğu
gibi kuyruk ve baş bölgelerinde meydana gelir.
İki şeker molekülü bağ yaparken (örneğimizde
glikoz molekülünü ele alıyoruz), kırmızı nokta ile gösterilen
1.karbonun üzerindeki H atomu ile 2.glikoz molekülünün 4.karbonunun
(yani kırmızı noktanın tam karşısına gelen bölgedeki karbon atomunun)
altındaki OH molekülü ile bağ yapar.Bu bağa ise " Glikozidik " bağı
adı verilir.Glikoz molekülleri bu şekilde ardarda bağ yaparak
karbohidrat zincirlerini meydana getirirler.
Şeklimizde görülen glikoz molekülü Alfa - Glikoz
adını alır.Molekülün Alfa veya Beta olması ise 1.karbondaki H ve OH ın
konumlarına bağlıdır.Eğer H atomu karbounun alt tarafından bağ yapmış
ise molekülümüz Beta konfigürasyonu, üst taraftan bağ yapmış ise Alfa
konfigürasyonu adını alır.
Şekerlerin 5 karbon atomundan oluşan formlarıda
vardır.5 karbon atomu içeren şeker molekülüne ise " Pentoz " adı
verilir.Bunların dışında değişik yapılara sahip şeker moleküllerine
örnek olarak mannoz, sukroz, laktoz ve fruktoz örnek verilebilir.
Şeker
moleküllerinin yıkımı :
Karbonhidratların büyük çoğunluğunun uzun şeker
moleküllerinden meydana geldiğini belirtmiştik.Vücuda alınan besin
maddelerinin ise % 70 e yakını karbonhidratlardan meydana gelir.
Karbonhidratların sindirimi ağızda başlar.Tükürük
sıvısında karbonidrat zincirlerini parçalayan enzimler
bulunmaktadır.Kısmen parçalanan bu moleküllerin sindirimi ise ince
bağırsakta sonlanır.Şeker molekülleri kana karıştıktan sonra kan
basıncının yükselmesine neden olur.Fakat kan basıncı, glikoz
molekülüne müdahele eden enzimler vasıtasıyla dengede tutulur.
Şeker molekülleri monosakkarit formları şeklinde
bağırsaklardan emildikten sonra kan yoluyla karaciğere gider.Monosakkaritler
burada glikoz, fruktoz, mannoz gibi değişik yapıdaki şeker
moleküllerine çevrlirler.Glikoz moleküllerinin fazlası ise enzimler
vasıtasıyla " Glikojen " adı verilen başka bir şekle dönüştürülüp depo
edilir.
Glikozun glikojene çevrilmesinde rol oynayan
enzimin adı ise " Glikokinaz " enzimidir.Bu enzim karaciğer tarafından
üretilir ve bu üretim, pankreastan salınan ve " İnsülin " adı verilen
bir hormonun kontrolü altındadır.
Glikokinaz (enzim) --------> Glikoz (molekül)
--------> Glikojen (son ürün)
Eğer bir insanın pankreası yeteri kadar insülin
hormonu salgılayamıyorsa, kişinin karaciğeri, kandaki insülin
miktarının azalmasına paralel olarak yeteri kadar Glikokinaz enzimi
üretemez.Glikokinaz enzimi ise glikoz moleküllerine müdahele
edemeyince glikoz moleküllerinin kandaki miktarı süratle artmaya
başlar.Glikozun kanda artış göstermesi nedeniyle kan basıncı artmaya
başlar ve sonunda yüksek tansiyon denilen rahatsızlık ortaya çıkar.
Glikozun parçalanması kısaca şu şekilde meydana
gelir ;
|
 |
6 karbonlu glikoz molekülü, yapılarında 3 er tane
karbon atomu bulunduran 2 molekül Piruvat ' a dönüşür.Piruvat, ortamda
oksijen olma veya olmama durumuna göre 2 yol izleyebilir.
Eğer ortamda oksijen yoksa (anaerob) piruvat
molekülleri son ürün olarak Laktat ve daha sonra Laktik asit ' e
dönüşür.Laktik asit, kaslara yeteri kadar oksijen taşınamadığı
hallerde birikir ve yorgunluğa neden olur.
Fakat fermantasyon bakterileri ve bazı maya
türleri, ortamda oksijen olmadığı hallerde laktat yerine Etanol adını
alan bir çeşit alkol ve su üretirler.
Eğer ortamda oksijen varsa (aerob) Piruvat
oksijenle reaksiyona girerek öncelikle bir ara ürün olan Asetil CoA '
ya dönüşür.
Asetil CoA ara ürünü daha sonra sitrik asit halkası adı verilen bir
seri kimyasal reaksiyon basamaklarına girer ve nihayetinde son ürün
olarak karbondioksit ve su ya dönüşür.
Glikoz moleküllerinin parçalanma reaksiyonları
sırasında hücre ATP kazanır.ATP ise enerji gereksinimleri için
kimyasal reaksiyonlarda kullanılır.Glikozun tam yıkım reaksiyon
şemasını aşağıdaki ikona tıklayarak görüntüleyebilirsiniz.
Tam reaksiyon şeması için Buraya
tıklayın
Moleküller adlandırılırken aralarına tire
konularak, hangi radikalin kaçıncı karbona bağlı olduğuda virgüllerle
belirtilir.Örnek verelim ;
Bir molekül " Glikoz - 6 - Fosfat " olarak
isimlendirilmiş ise, bu, molekülün 6.karbonunda bir tane fosfat grubu
taşıdığı gösterir
Başka bir örnek olarak ; Eğer molekül " Fruktoz -
1,6 - Difosfat " olarak isimlendirilmiş ise, buda Fruktoz molekülünün
1. ve 6. karbon atomlarının Fosfat molekülü taşıdığı anlamına gelir.Fruktoz
üzerinde toplam 2 tane fosfat grubu olduğundan " Difosfat " olarak
yazılır.
Glikoz yıkıma uğrarken, hem parçalanmakta hemde
bazı karbon atomlarına fosfat ve diğer kimyasal gruplar eklenmektedir
(Bu eklenmeler " Tam reaksiyon şeması " ' nda ayrıntılı olarak
gösterilmektedir).
Bu kısa bilgiden sonra Glikozun yıkımı sırasında
hangi basamaklarda ATP harcandığını ve hangi basamaklarda ATP
üretildiğini görelim.
|
Reaksiyon |
ATP
değişimi |
|
Glikoz
---> Glikoz - 6 - fosfat |
-
1 ATP |
|
Fruktoz
- 6 - fosfat ---> Fruktoz - 1,6 - difosfat |
-
1 ATP |
|
1,3
- bifosfogliserat ---> 3 - fosfogliserat |
+
2 ATP |
|
Fosfoenol
piruvat ---> Piruvat |
+
2 ATP |
Tabloda görüldüğü gibi glikoz ve fruktoz
moleküllerine fosfat bağlanırken enerji kullanılmaktadır.Bu enerji
gereksinimi 2 ATP yi beraberinde götürürken, fosfat gruplarının
ayrılması esnasında 2 şer adet ATP kazanılmaktadır.Sonuç olarak
harcanan 2 ATP ye karşın hücrede 4 ATP üretilmekte ve net olarak 2 ATP
kazanç sağlamaktadır.
Glikozun metabolik faaliyetlerle yıkılması olayına
" Glikoliz ", küçük moleküllerden tekrar sentezlenmesi olayına ise "
Glikogenez " denir.Vücuda yeteri kadar glikoz alınmaz ise hücreler bu
sefer glikoz üretmeye başlarlar.
Yağ (Lipid)
Metabolizması
Besinlerle alınan yağ moleküllerinin büyük kısmını
trigliserid adı verilen moleküller oluşturmaktadır.Bunun yanında
fosfolipid, ve kolestrol molekülleri yağlı besinlerde daha az
miktarlarda bulunular.
Lipidler yapı itibariyle gliserin ve yağ
asitlerinin teşkil ettiği moleküllerdir.Lipid molekülleri hidrofobik
özellik göstermelerine karşın organik eriticilerde çözünürler.Örneğin
alkol, eter, aseton ve klorofom gibi uçucu sıvılar içerisinde
çözünebilir.
Yağ molekülleri çok uzun bir yapıya sahip olup,
biri " Hidrofobik " diğeri " Hidrofilik " iki kutuba sahiptir.Yağlar,
vücudun ince bağırsağında pankreas ve safra kesesinden gelen
enzimlerle küçük parçalara ayrılırlar.Yağların parçalanması ise "
Lipaz " adı verilen bir enzim ile olur.
Yağlar parçalanıp yağ asitlerine kadar
ayrıştırıldıktan sonra ince bağırsaklardan emilir ve kana karışır.Yağ
asitleri hücreler tarafından enerji ihtiyacını karşılamak için
kullanılırlar.Yağ asitleri bazı hücrelerde sitoplazma içerisinde
okside olarak ATP üretimine katılırken, çoğu hücrede mitokondri
içerisine girerek ATP sentezlenmesini sağlar.
|
 |
Yağ asiti moleküllerinin yapısını gösteren
şekilde, molekülün hidrofilik ve hidrofobik kısımları görülmektedir.
Yağlar vücuda girip yağ asitlerine kadar ayrıştıktan sonra ya depo
edilirler yada enerji ihtiyacı için kullanılırlar.
Yağ asitleri vücutta fazla miktarlarda bulunduğu
zaman trigliserid şekline dönüştürüldükten sonra yağ dokularında depo
edilirler.İnsanların şişmanlamasının nedenide budur.Fakat aksine,
kaslar fazla çalıştığı zaman kas hücrelerindeki mitokondriler ATP
üretmek için ortamda bulunan yağ asitlerini, depo edilmesine fırsat
bırakmadan kullanırak enerji ihtiyaçlarını karşılarlar.
Şişman bir kimse elinden geldiğince spor yapıp
hareket ederse, yağ dokularındaki trigliserid molekülleri, enerji
gereksinimi olduğu için yağ asitlerine kadar parçalanacak ve
mitokondrilere ulaştırılacaktır.
Yağ asitlerinin mitokondriye girişi direk
değildir.Öncelikle Asetil CoA ile bileşik kurarak " Yağ Asil - CoA "
kompleksini kurar.Bu aşamadan sonra hücre içerisinde bulunan ve "
Kornitin " adı verilen bir enzim eşliğinde mitokondri membranından
geçerek mitokondri matrix ' ine ulaşır.
Yağ asidi + CoA + ATP <---------------> Yağ
asil - CoA + AMP + PPi
Denklemde yağ asitinin CoA (Koenzim A) ile komleks
oluştururken ATP harcamaktadır.ATP enerjisi kullanılınca ATP (Adenin
trifosfat) AMP (Adenin monofosfat) ' a dönüşmektedir.
Yağların kan sıvısında taşınması ise ortak çalışan
iki protein ile gerçekleşmektedir.Bu proteinlerden birisi
" Lipoprotein " diğeri ise " Apolipoprotein " adını alır. Yiyeceklerle
alınan yağ ve kolestroller önce lipoprotienler ile paketlenirler.Lipoprotinlerin
üzerilerinde ise apolipoprotein molekülleri vardır.Apolipoprotein ise
ise lipide bağlanan kısımı oluşturmaktadır.Yani Lipoprotein
apolipoproteini taşır, apolipoprotein ise yağa bağlanır.Böylelikle yağ
molekülü dokulara kan yolula taşınmış olur.
Yağların yıkımı :
Yağların yapıtaşlarının yağ asitleri olduğunu
belirtmiştik.Yukarıdaki şekilde görülen yağ asiti molekülünün
hidrofilik ve hidrofobik uçları, yağların suya döküldüklerinde misel
oluşturmalarına neden olur.
|
 |
Şekilde yağ asitlerinin su içerisinde
oluşturdukları micel yapısı görülmektedir.
Yağ asitleri, hidrofilik uçları dışa, hidrofobik
uçları ise iç tarafa gelecek şekilde dizilirler.Mavi bölge yağ
asitinin hidrofilik bölgesi, kırmızı ince bölge ise molekülün
hidrofobik kuyruğunu temsil etmektedir.
Besinlerle alınan büyük yağ molekükleri,
bağırsakta sindirilirken önce misellerine kadar ayrıştırılmakta ve
daha sonra bu miselleri parçalayan enzimler iş görmektedir.
İnce bağırsağa gelen büyük yağ molekülleri,
öncelikle safra kesesinden salgılanan tuzlarla etkileşime girerek
kendilerinden daha küçük yapıya sahip misellere dönüşürler.Bu şekilde
küçültülüp misele dönen yağ molekülleri daha sonra pankreastan
salgılanan lipazlar vasıtasıyla parçalanmaya ve yağ asitlerine kadar
ayrışmaya başlar.Ayrışan yağ asitleri difüzyon yolu ile bağırsak
mikrovilluslarından emilir.Fakat emilim esnasında yağ asitlerinden
trigliseridler sentezlenerek bu haliyle kana karışır ve lipoproteinler
vasıtasıyla paketlenerek gerekli yerlere ulaştırılır.
Dokulara ulaşan trigliseridler genel olarak 3
aşamada yıkılarak enerji ihtiyacı için kullanılırlar.
1-) Trigliseridlerin hidrolizi :
Trigliseridler Lipaz enziminin etkisiyle digliserid,
monogliseridserbest gliserol ve yağ asitlerine kadar ayrışırlar.
2-) Alfa - oksidasyonu :
Trigliseridlerin hidrolizi ile serbest kalan yağ asitleri, alfa -
oksidasyon kimyasal reaksiyonlarına girerek yıkılmaya başlar.Alfa -
oksidasyonunda yağ asitleri, hücrenin Endoplazmik Retikulumunda aktive
olmadan direk olarak parçalanırlar.
3-) Beta - oksidasyonu :
Beta - oksidasyonu, yağ asitlerinin parçalandığı diğer bir kimyasal
reaksiyon basamaklarıdır.Parçalanma mitokondride gerçekleşmekte ve
aynı zamanda yağ asitinin Asetil - CoA ile kompleks oluşturup aktive
olması gerekmektedir.
Vücuda alınan karbonhidratlar, fruktoz, mannoz ve
sukroz gibi şekerlere, glikoz şekeri ise glikojene çevrilip depo
edilir.Fakat karbonhidrat fazla miktarda alınırsa bu kez glikozun
fazlası glikojene çevrilemeyeceğinden, öncelikle yağ asitlerine ve
daha sonrada trigliseridlere dönüştürülüp depo edilir.
Hücrede aynı zamanda " Peroksizom " adı verilen
yapılarda da yağ asitleri parçalanmaktadır.Peroksizomlar yağ
asitlerini parçalarken ürün olarak H2O2 (Hidrojen peroksit) meydana
getir.H2O2 nin fazlası hücre için toksik etki yapacağından, " Katalaz
" enzimi ile parçalanarak H2O ve H2 ye dönüştürülür.Mitokondride ise
yağ asiti parçalanırken direk olarak H2O meydana gelir. |